注釈の色がエラーではないのに黄色や赤の場合、Acrobatで色を変更している可能性があります。

データ上で、注釈が見えますが実際には印刷されません。

注釈の色が黄色や赤の場合、Acrobatの環境設定で色を変更している可能性があります。

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注釈マークの上で「右クリック」して「プロパティ」をクリック

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右側の色[o]をクリックすると好きな色に変更可能です。